Nejvyšším orgánem NS MAS je Valná hromada NS MAS, na kterou je každá členská MAS oprávněna vyslat své zástupce, z nichž má vždy jeden zástupce právo disponovat rozhodujícím hlasem vysílající MAS. NS MAS, a tím i Valná hromada, má k 10. 1. 2024 celkem 175 řádných členů (zástupců). Valná hromada schvaluje zprávy o činnosti a hospodaření spolku, výsledky hospodaření a účetní uzávěrku. Dále volí členy kontrolní komise. V jejích kompetencích je změna stanov, koncepce činnosti a úkoly pro nastávající období, výše členských příspěvků a další.
Krajské sítě MAS nominují svého zástupce do třináctičlenného výboru a ten ze svých řad volí předsedu a tři místopředsedy. Výbor za svou činnost odpovídá Valné hromadě. Výbor má nejméně třináct členů včetně předsedy a místopředsedů a je složen ze zástupců krajských sítí.
Výbor NS MAS organizuje a řídí činnost spolku podle usnesení Valné hromady a v souladu se stanovami. Hospodaří s finančními prostředky podle schváleného rozpočtu při dodržování obecně platných závazných předpisů.
Kontrolní komise je pětičlenná, má povinnost zajišťovat kontrolu dodržování Stanov a vnitřních předpisů NS MAS. Dále také účelné hospodaření a rozpočtovou kázeň NS MAS. Členství v Kontrolní komisi je neslučitelné s funkcí v jiných volených orgánech NS MAS. Kontrolní komise NS MAS provádí podle potřeby, nejméně však dvakrát za rok kontrolu hospodaření a činnosti spolku, řeší sporné záležitosti mezi spolkem a jeho členy.
Krajské sítě nebo také krajská sdružení MAS (KS MAS) mohou vzniknout, dohodne-li se na tom nadpoloviční většina členských MAS daného kraje. Orgány KS MAS jsou obdobné jako NS MAS a spolupracují se všemi MAS na území kraje. To znamená, že podporují principy LEADER v území MAS jak členů, tak nečlenů NS MAS.
Výkonný ředitel je zaměstnanec NS MAS, jmenovaný Výborem NS MAS. Výkonný ředitel je výkonným orgánem NS MAS, jehož pracovní náplní je především profesionální zajištění činnosti NS MAS a jejích orgánů. Náplň práce, rozsah práv a povinností je upraven v písemném vyhotovení, které schvaluje Výbor NS MAS a je přílohou Vnitřních směrnic NS MAS.
Analytik je zaměstnanec NS MAS, jmenovaný Výborem NS MAS. Analytik tvoří správní složku NS MAS, která má za úkol zajistit administrativní provoz NS MAS a jejich orgánů. Náplň práce, rozsah práv a povinností je upraven v písemném vyhotovení, které schvaluje Výbor NS MAS a je přílohou Vnitřních směrnic NS MAS.
Administrátor finančního a provozního managementu je zaměstnanec NS MAS, jmenovaný Výborem NS MAS. Administrátor tvoří správní složku NS MAS, která má za úkol zajistit administrativní provoz NS MAS a jejich orgánů. Náplň práce, rozsah práv a povinností je upraven v písemném vyhotovení, které schvaluje Výbor NS MAS a je přílohou Vnitřních směrnic NS MAS.
Ke splnění úkolů nebo k zajištění dlouhodobé specializované činnosti výboru výbor zřizuje pracovní skupiny (PS) složené z členů výboru, členů organizace a případně externích odborníků. Činnosti pracovních skupin jsou zaměřeny na plnění cílů a hlavních úkolů NS MAS.
